亚太传统医药 ›› 2022, Vol. 18 ›› Issue (7): 132-139.DOI: 10.11954/ytctyy.202207031

• 传统医药信息学 • 上一篇    下一篇

基于网络药理学和分子对接技术探索龟甲治疗骨关节炎的潜在机制

朱香梅,李晴,石雨荷,朱珏,童巧珍,刘湘丹,王智   

  1. 湖南中医药大学药学院,湘产大宗道地药材种质资源及规范化种植重点研究室,湖南省普通高等学校中药现代化研究重点实验室
  • 出版日期:2022-07-05 发布日期:2022-07-15
  • 基金资助:
    湖南中医药大学“东健”研究生创新项目(2020DJ05,2021dj01);湖南省自然科学基金(2020JJ4466);财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系资助项目(CARS-21)

  • Online:2022-07-05 Published:2022-07-15

摘要: 目的:基于网络药理学和分子对接技术预测龟甲治疗骨关节炎(OA)潜在靶点及作用机制。方法:通过BATMAN-TCM、TCMID数据库及文献检索并筛选龟甲活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库预测活性成分靶点。运用TTD、PharmGkb、OMIM、DrugBank数据库预测合并筛选OA相关靶点,并取两者交集得到龟甲治疗OA的潜在作用靶点。借助String数据库进行潜在作用靶点的蛋白互作网络构建,运用Cytoscape 3.8.2软件构建可视化网络,CytoNCA插件筛选核心靶点。最后利用iGEMDOCK软件对核心靶点与其相对应成分进行分子对接验证。结果:筛选得到龟甲活性成分27个,对应314个靶点,将其与180个OA相关靶点取交集得到41个潜在作用靶点。其中潜在有效成分主要包括十四酸甾醇酯、(E)-11-二十碳烯酸、十五烷酸等,核心靶点为PTGS2、TNF、MAPK3、PPARG、NR3C1、RXRA,分子对接结果显示其与对应成分之间的结合作用较强。基因本体论(GO)富集得到72条生物过程(P<0.05),主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始、氧化还原过程、脂质代谢过程、细胞内受体信号通路、花生四烯酸代谢过程、类固醇代谢过程等,京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集得到33条通路(P<0.05),主要涉及花生四烯酸代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)、神经活性配体-受体相互作用、类固醇激素生物合成及癌症途径信号通路等。结论:龟甲可能通过调控炎症、软骨代谢、软骨细胞凋亡发挥预防和治疗OA的作用,需要进一步实验验证。

关键词: 龟甲;骨关节炎;网络药理学;分子对接